Η επιχειρησιακή διάρθρωση του παρόντος Επιχειρησιακού Προγράμματος «ΕΝΙΣΧΥΣΗ ΤΗΣ ΠΡΟΣΠΕΛΑΣΙΜΟΤΗΤΑΣ», περιλαμβάνει Άξονες Προτεραιότητας, που σχετίζονται με έξι διαφορετικές θεματικές ενότητες κάθε μία από τις οποίες αντιστοιχεί σε ένα γενικό στόχο του ΕΠ. Οι ενότητες αυτές είναι: α) οδικές μεταφορές, β) σιδηροδρομικές & διατροπικές μεταφορές, γ) θαλάσσιες μεταφορές, δ) αεροπορικές μεταφορές, ε) αστικές μεταφορές και στ) ασφάλεια μεταφορών.