Εκτός των αρμοδιοτήτων διαχείρισης που έχει στο πλαίσιο του ΕΠ "Ενίσχυση της Προσπελασιμότητας", η Ειδική Υπηρεσία Διαχείρισης του ΕΠ-ΕΠ έχει αρμοδιότητες Ενδιάμεσης Διαχειριστικής Αρχής όπως προβλέπονται στον Ν.3614/07, αναφορικά με τμήματα Περιφερειακών Επιχειρησιακών Προγραμμάτων του ΕΣΠΑ, που αφορούν υποδομές Μεταφορών

Στις ενότητες που ακολουθούν παρουσιάζονται τα τμήματα των Αξόνων Προτεραιότητας των ΠΕΠ "Αττική" και "Μακεδονία-Θράκη", η διαχείριση των οποίων έχει εκχωρηθεί σύμφωνα με τις σχετικές ΚΥΑ Εκχώρησης που βρίσκονται εδώ. Στις 13/7/2010 δημοσιεύτηκαν στο ΦΕΚ οι νέες εκχωρήσεις από τα ΠΕΠ "Αττική" και "Μακεδονία-Θράκη", οι οποίες βρίσκονται εδώ. Στις 11/2/2011 δημοσιεύτηκε στο ΦΕΚ νέα εκχώρηση για το ΠΕΠ "Μακεδονία - Θράκη" την οποία μπορείτε να βρείτε εδώ.